Auer , Bavyera'da Münih'e yakın bir kasaba olan Waldkraiburg'da iki ağabeyi ile birlikte büyüdü . Mühldorf'taki Ruperti-Gymnasium ilköğretim okuluna gittikten sonra Eichstätt'ta üniversiteye gitti ve burada 1992'de gazetecilik bölümünden mezun oldu. Auer daha sonra Almanya'da çeşitli günlük gazetelerde editör ve muhabir olarak çalıştı. 1997 yılında kendi yayın ofisini açtı. Diğerlerinin yanı sıra Süddeutsche Zeitung ve Deutsche Presse-Agentur için yazmıştır .

Auer, çocukları doğduktan sonra çocuk kitapları yazmaya başladı. Tarihsel bir çocuk gizemi olan ilk kitabı Verschwörung am Limes (Limes Komplosu) 2010'da yayınlandı. Bunu iki devam filmi izledi. 2013 yılında Die Schule der magischen Tiere serisinin ilk iki kitabını yayınladı – Die Schule der magischen Tiere ve Die Schule der magischen Tiere: Voller Löcher! – bunlardan ilki kısa sürede Spiegel dergisinin çocuk kitapları için en çok satanlar listesine girdi. Devam filmleri de en çok satanlar listesinin zirvesine tırmandı. Toplamda, seri 7 milyonun üzerinde kopya sattı. 

Mart 2019'da Auer, Heidelberger Leander 2019 çocuk kitabı ödülüne layık görüldü. 2019'dan beri Süddeutsche Zeitung'un "Familientrio" adlı gazetesinde ebeveynlikle ilgili soruları yanıtladığı haftalık köşe yazarlığı yapıyor. Margit Auer, gazeteci ve polisiye roman yazarı Richard Auer ile evlidir. Bavyera'da yaşayan çiftin üç oğlu var.