Ankara Atatürk Lisesi'ni, 1972 yılında Ankara Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi'nin iktisat ve maliye bölümünden mezun oldu. Gazi Üniversitesi’nde Kamu İktisadi Teşebbüslerinin Finansmanı başlıklı tezi ile doktor oldu. Yeminli mali müşavir ruhsatına da sahiptir.

1972 yılında maliye müfettiş muavini göreviyle Maliye Bakanlığı'nda çalışmaya başladı. Hazine Müsteşarlığı'nda müfettiş, müsteşar yardımcısı olarak görev yaptıktan sonra, Washington büyükelçiliği ekonomi müşavirliği ve başmüşavirliği gibi çeşitli vazifelerle Amerika Birleşik Devletleri'nde bulundu. 1997 yılında hazine müsteşarlığına atandı ve fakat 1997 yılı sonunda kendi tercihiyle kamu hizmetinden ayrıldı. Kamu hizmeti sırasında Dünya Bankası'nda Türkiye adına görev yaptı. Eylül 1997'de bakanlar kurulu kontenjanından Yükseköğretim Kurulu üyeliğine atandı, ancak kısa bir süre sonra bu görevinden de istifa etti.

1998 yılında özel kesime geçmiş ve çeşitli finans kurumlarında yönetim kurulu üyelik ve başkanlıklarında bulunmuş, 2006 yılı itibarıyla tam zamanlı bütün görevlerinden ayrılmıştır. Uzun süre köşe yazısı yazdığı Radikal gazetesinden 2011 yılı sonunda ayrıldı. Yaklaşık 10 yıl yorumculuk yaptığı NTV televizyon kanalından 2018 yılında ayrıldı. 2000 ile 2010 yılları arasında İstanbul Bilgi Üniversitesi'nde, 2011 ile 2017 yılları arasında da Kadir Has Üniversitesi'nde ekonomi, iktisat ve maliye dersleri verdi.

Mahfi Eğilmez, hâlen Altınbaş Üniversitesi'nde ders veriyor. Kendi internet sitesinde düzenli olarak ekonomi hakkında görüşlerini yazıyor.^[2] Yayımlanmış 22 kitabı ve çok sayıda makalesi vardır.