İsenbike Togan (d.1940, İstanbul), Türk tarih profesörü. Araştırma konuları arasında Orta Asya ve Çin tarihi konuları ağırlık gösterir. Türkolog ve tarihçi Zeki Velidi Togan'ın kızıdır.

Orta Öğrenimini İstanbul Alman Lisesinde tamamladıktan sonra İstanbul Üniversitesi Edebiyat Fakültesi Tarih Bölümünden 1964 yılında mezun olan İsenbike Togan, 1964-66 yılları arasında Türk tarihini Çin kaynaklarından öğrenebilmek için Çin Hükûmetinden aldığı bursla National Taiwan Üniversitesinde (Taiwan) Çince eğitimi görmüş ve lisansüstü eğitimi tamamlamıştır. 1967-68’de İstanbul Üniversitesi Edebiyat Fakültesinde Çince okutmanlığı yaparken bir yandan da Ankara Üniversitesi'nde doktora çalışmalarına başlamış, ancak kısa bir süre sonra Fulbright bursu alarak A.B.D'de Harvard Üniversitesine doktora eğitimi için gitmiştir. 1968-73 yılları arasında Orta Asya tarihini Türk, Moğol ve Çin kaynaklarından araştırmaya yönelik doktora çalışmalarını tamamlayarak Moğol devrinde Çin’de uygulanmış olan Osmanlı tımar sistemine benzer bir sistem üzerinde çalışarak "The Chapter on Annual Grants in the Yüan shih" adlı doktora teziyle Doğu Asya Dilleri ve Uygarlıkları bölümünden mezun olmuştur.

Türkiye'ye döndükten sonra 1974-78 yıllarında Hacettepe Üniversitesi Türk Dili ve Edebiyatı bölümünde öğretim görevlisi olarak Türk Kültür Tarihi ve Moğolca dersleri veren Togan, aynı anda 1975-76 yılları arasında Harvard Orta Doğu Çalışmaları Merkezi'nde (Harvard Center for Middle Eastern Studies) araştırmalarına devam etmiştir. 1978-84 arasında Orta Doğu Teknik Üniversitesi (ODTÜ) Siyaset Bilimi ve Kamu Yönetimi Bölümünde öğretim üyeliği yapmış ve 1980-82 yılları arası aldığı MEAwards (Middle Eastern Award) bursu ile Sudan'a gitmiş ve göçebe kabileler üzerine araştırmalar yapmıştır.

1984 yılında ODTÜ’de Tarih Bölümü kurulunca, burada Türk tarihi ve Orta çağ tarihi dersleri vermeye başlamıştır. 1985 yılında tekrar Amerika'ya giderek 1987 yılına kadar, Harvard Üniversitesi Fairbank Doğu Asya Araştırmaları Merkezi (Center for East Asian Research) ve Harvard Orta Doğu Çalışmaları Merkezi'nde araştırmalar yapmış, 1987-89 yılları arasında ise Wellesley ve Tufts Üniversitelerinde ders vermiştir.

1989-1992 yılları arasında Washington Üniversitesi Tarih Bölümünde Orta Asya, Yakın Doğu ve Çin tarihi üzerine dersler vermiştir.

1990 yılında UNESCO Orta Asya Uygarlıkları Tarihini Yazma Komitesi'nin (UNESCO International Scientific Committee for the drafting of a History of Civilisations of Central Asia) bir üyesi olmuş ve aynı dönemde UNESCO İpek Yolu Araştırmaları (UNESCO Integral Study of the Silk Roads) projesi ile 1990'da Çin Halk Cumhuriyeti ve 1991'de Özbekistan, Tacikistan, Kazakistan ve Kırgızistan'da araştırmalar yapmıştır. 1992'de Türkiye'ye dönmüş ve doçentliğini alarak, ODTÜ Tarih Bölümü'nde öğretim üyeliği yapmaya devam etmiştir. 1995 yılında da Profesör olmuştur. 2006 yılında ODTÜ Tarih Bölümü'nden emekli olmuş ancak günümüzde Boğaziçi Üniversitesi'nde Çin tarihi dersleri vermeye devam etmektedir. Ayrıca Türk Tarih Kurumu, 'Türk-Rus Tarihçileri Karma Komisyonu' üyesidir. Bilim Akademisi aslî üyesidir.