Fransa'nın Lyon şehrinde doğdu. Beş kardeşin üçüncüsüydü. Aristokrat bir aileye mensup olan Exupéry dört yaşındayken babasını kaybetti. Babasının ardından aile hızla yoksullaştı. Anneleri kültürlü bir kadındı. İlk öğretmenleri anneleri oldu. Exupéry okulda başarılı değildi. Ödevlerle arası yoktu, sürekli ceza alıyordu. Uçaklarla 12 yaşında tanıştı. Evlerinin yanındaki hava alanına gizlice girer uçakları yakından seyrederdi. 12 yaşındayken bir pilot onu uçağına aldı ve uçurdu. Kardeşi François'in ölümü onu ve ailesini çok sarstı. Liseyi bitirdikten sonra pilot olmayı çok istediği halde annesini kırmamak için denizcilik okuluna kaydoldu. 19 yaşında Ecole des Beaux-Arts'ta mimarlık fakültesine girdi. 21 yaşında orduya çağrıldı. Eğitimini yarıda bırakıp askere gitti. Askerlik görevini Fransız Hava Kuvvetlerinde teknisyen olarak yaptı. Strazburg şehrinde pilotluk eğitimi aldı. Askerliğin ardından ailesinin isteği üzerine Paris'te bir ofiste kamyon satıcısı olarak çalışmaya başladı. Ticaret yaşantısında başarısız oldu. Bu arada yazı yazmaya da başlamıştı.

1926 yılı hayatında bir dönüm noktası oldu: Tekrar uçmaya başlamıştı. Toulouse ve Dakar arasında posta servisi yapan uçağın pilotu olarak göreve başladı. İlk kitabı Güney Postası'nı bitirdi. Burada ilk uçuş deneyimlerini anlatıyordu. Aynı şirketin Arjantin bölge sorumluluğuna getirildi. Gece Uçuşu adlı romanı Arjantin'deki yaşantısını anlatır. Paris'te evlendi. 35 yaşındayken uçağı arıza yaptı ve Tunus'ta çöle zorunlu iniş yaptı, kayboldu. Dört günlük zorlu çöl macerası ardından bir Bedevi tarafından bulundular (Ayrıca bu olay en ünlü yapıtlarından "Küçük Prens" 'de de geçmiştir). İspanya İç Savaşı boyunca Fransız gazetesi adına muhabir olarak görev yaptı. Havacılık alanında birçok buluşa imza attı. Gece uçuşlarını düzenleyen cihazların geliştirilmesinde katkı sağladı. II. Dünya Savaşı başladığında Fransa, Almanya'nın işgaline uğradı. Komutanları Exupéry'ye sağlık durumunun savaş şartlarına uygun olmadığını söylemesine rağmen o askere yazıldı. Fransa'nın yenilgisi üzerine ABD'ye gitti. Buradayken yazdığı Dünya ve İnsanlar ile Savaş Pilotu adlı iki kitabı New York'ta çok tutuldu. En önemli eseri Küçük Prens'i de bu dönemde yazdı. Ülkesinin işgal altındaki durumuna çok üzülmekteydi. Olaylar karşında sessiz kalamayacağına karar vererek ABD ordusuna katılarak yüzbaşı rütbesiyle Kuzey Afrika'ya gitti. Görevi Alman ordularının hareketini havadan izlemekti.

31 Temmuz 1944'te uçağı vuruldu ve Marsilya açıklarında denize düştü. Uçağının enkazı 2000 yılında balıkçılar tarafından bulundu.